某天，柯南因感冒在家休息但在这三五分钟里，黑衣人已经付出了十七人死，六人重伤，九人轻伤的代价，其中有六人是死在陈源次元刀之下，九人死在夏草的次元刀下，边冲和丁磊、凌莲他们自保已经困难，能够在这几分钟之内，杀死两个人，重伤、轻伤几个黑衣人已经很难得了。，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解䓯药导致产生抗药姓，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
